Un site avec une forte diversité d'habitat
Sur le site, on distingue :
- Les habitats marins d’intérêt communautaire, qui couvrent environ 2200 ha ;
- Les habitats terrestres d’intérêt communautaire, qui occupent environ 1080 ha.
Certains de ces habitats, rares et menacés à l’échelle européenne, sont classés d’intérêt communautaire prioritaire.
Les prés-salés et les prairies subhalophiles, couvrent de vastes surfaces qui leur confèrent une importance nationale. La végétation des schorres y est très diversifiée, en raison de la complexité morphologique du site.
Les anciennes salines (aujourd’hui parfois abandonnées) abritent des herbiers et des roselières saumâtres. Dans le site, de vastes roselières en lagunes ont été cartographiées, par exemple dans le marais de Suscinio, l’étier de Kerboulico…
Un site d'importance internationale pour les oiseaux d’eau
La Rivière de Pénerf est un des sites majeurs en Europe pour la migration et l’hivernage des anatidés (oies et canards) et des limicoles (petits échassiers).
Les pointes et platiers rocheux sont des reposoirs de marée haute ou des zones de gagnage pour les limicoles. Les estrans vaseux jouent un rôle essentiel de gagnage nocturne pour les canards de surface (échanges avec le site voisin du golfe du Morbihan) et pour les autres anatidés et limicoles en général. En période de reproduction ce sont des sites d’alimentation pour l’Echasse blanche et l’Aigrette garzette notamment.
Une faune et une flore riche
La majorité des espèces de flore et de faune d'intérêt communautaire inventauriées dans le site sont inféodés aux habitats littoraux (laisses de mer, dunes, lagunes, prés-salés, falaises), puis secondairement aux zones humides et au bocage (haies, vergers, prairies).
