L'état des lieux des connaissances a mis en évidence divers enjeux présents sur le site.
Deux grands types d’enjeux peuvent être distingués.
Les enjeux généraux
Les enjeux généraux visent la totalité du site et abordent différentes thématiques de manière transversale :
- l'amélioration des connaissances,
- la sensibilisation et appropriation
Les enjeux de conservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire
Les enjeux de conservation des habitats et des espèces d’intérêt communautaire sont déclinés par grandes entités écologiques interdépendantes.
Six grandes entités ont été définies :
- Les prés salés et estrans estuariens
- Les marais endigués et lagunes arrière-littorales
- Les dunes et estrans sableux
- Les estrans rocheux et falaises littorales
- Le milieu marin non découvrant
- Les abords terrestres
L’enjeu avifaunistique est décliné à deux échelles imbriquées : celle du site Ramsar du Golfe du Morbihan et celle du site Natura 2000 de la rivière de Penerf.
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