Sur les communes de la rivière de Penerf, se sont développées des activités primaires : agriculture et ostréiculture, seule la commune d’Ambon n’a pas d’activité ostréicole. Les paysages et les milieux ont été façonnés par l’agriculture et l’ostréiculture.
La conchyliculture
L’activité conchylicole est très développée sur le bassin de production de la rivière de Penerf. Il s’agit d’une des premières zones de production du Morbihan. Elle regroupe, en 2008, une cinquantaine d’entreprises et 280 ha de concessions.
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L'agriculture
L’agriculture exerce encore une emprise importante sur le site de la rivière de Penerf, bien qu’elle soit en forte diminution ces dernières décennies. En effet, elle connaît la même déprise que dans les autres communes littorales. Entre 1988 et 2000, le nombre d’exploitations a diminué de 37%. 146 exploitations sont encore en activité en 2000 dans les 5 communes concernées.
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Peu d’industries sont présentes sur les communes de l’estuaire, en revanche 2 industries agro-alimentaires classées ICPE se situent sur la tête de bassin versant de la rivière de Penerf.
Le Tourisme
Le secteur tertiaire est fortement représenté avec l’activité touristique qui est concentré sur les communes de Damgan, Sarzeau, Le Tour du Parc et Ambon (plutôt sur sa partie Est hors site Natura 2000). La fréquentation touristique de la rivière de Penerf, souvent peu accessible du fait de la présence importante de zones humides, est peu importante comparé à la fréquentation du front de mer.
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