La Rivière de Pénerf
Les sites Natura 2000 sont situés sur la partie aval du bassin versant côtier de la rivière de Penerf.
Celui-ci est situé à l’Est du golfe du Morbihan et à l’ouest de l’estuaire de la Vilaine. La superficie du bassin versant est de 136 Km2 et s’étend sur 10 communes, en totalité ou pour partie. Les périmètres Natura 2000 ne concernent que 5 d'entre elles.
Une rivière à plusieurs bras
Le haut de l'estuaire de Penerf est constitué de trois bras. La rivière de Penerf est le bras principal et porte le nom de la Drayac dans sa partie amont. Elle est alimentée dans sa partie basse par l'étier d'Ambon, l'étier du Lic puis l'étier de Damgan.
Les deux autres bras sont constitués par la rivière de l'Epinay et la rivière de Sarzeau/Étier de Caden.
Au niveau de l'exutoire débouche l’Étier de Kerboulico.
Lorsque l'on utilise le terme générique « Rivière de Penerf », on entend l'ensemble complexe de cet estuaire.
Les marais de Suscinio
Les marais de Suscinio et de Landrezac sont situés dans la presqu’île de Rhuys, sur la commune de Sarzeau. Les marais de Suscinio reçoivent les eaux d'un bassin versant très peu étendu de 1 300 hectares. En amont de ces marais littoraux, on trouve 3 étangs : l'étang de Calzac, l'étang de Gouarch et l'étang du château.
Les marais de Landrezac sont localisés à l'est des marais de Suscinio et constituent une entité hydrographique à part entière.